In de medische transitie kunnen de hormoonbehandelingen en of genderbevestigende operaties plaatsvinden. De medische transitie kan pas starten na een doorverwijzing. In de Nederlandse Kwaliteitsstandaard Somatische Transgenderzorg worden verschillende fases van de medische transitie vastgesteld. Na de diagnostische fase kan de diagnose van genderdysforie vastgesteld worden. Na het stellen van de diagnose kan gekozen worden om te starten met medische vervolgstappen. Iedere transgender persoon heeft een individuele wens omtrent de genderbevestigende operatieve -en hormoonbehandelingen. Uiteraard kan een transgender persoon er ook voor kiezen om geen medische vervolgstappen te nemen.